Geboren wurde er 1966 in Dresden. Nach Abitur, Volleyball-Leistungssport und Maurerlehre in Leipzig erfolgten ein Architekturstudium an der heutigen Bauhaus-Universität Weimar und erste eigene Studenten-Theaterarbeiten. Ab 1993 war er Assistent des Bühnenbildners Dieter Klaß für den Urfaust-Kubus beim Kunstfest Weimar, in der künstlerischen Leitung von Manfred Karge. In diesem Rahmen erfolgten erste Arbeiten mit Studenten des Berliner Regieinstitutes, u. a. Tom Kühnel, Andrea Moses, Thomas Ostermeier und Robert Schuster. Er konzipierte ab 1995 Bühnenbilder in Berlin, Bremen, Dresden, Potsdam, Weimar. Ab 1998 prägende feste Zusammenarbeit mit Robert Schuster und Tom Kühnel als Bühnenbildner am Schauspiel Frankfurt, ab 1999 als Ausstattungsleiter am TAT in Frankfurt/Main. Mit Thomas Ostermeier arbeitete er kontinuierlich, erst an der Baracke des Deutschen Theaters Berlin, die er 1997 zu einer Experimentierbühne umbaute, dann ab 2000 an der Schaubühne. Dort gestaltet er seitdem hauptsächlich Bühnenbilder für Inszenierungen von Thomas Ostermeier, aber ebenso für Falk Richter, Patrick Wengenroth, Constanza Macras, Tom Kühnel. Weitere Arbeiten in Halle, Wien, Amsterdam. Mit Andrea Moses arbeitete er kontinuierlich zusammen, zuletzt bei ihrer Inszenierung von Verdis Falstaff an der Staatsoper Stuttgart.
Des Weiteren Ausstellungsarchitekturen in Frankfurt/Main und Dresden, Workshops und Einzelausstellungen seiner Bühnenbilder in Oslo (2009) und Krakau (2011). Seine Publikation sind: Dem Einzelnen ein Ganzes/A Whole for the Parts: Jan Pappelbaum. Bühnen/Stages. (published 2006 by Theater der Zeit). Jan Pappelbaum ist seit 2000 Bühnenbildner und Leiter der Ausstattung der Schaubühne Berlin.